一文帶你學(xué)習(xí)Homer3的簡介和使用

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其實在撰寫本文時，也曾有些猶豫，對于Homer3的使用，在之前的推文中也曾寫過，那么為什么今天又來寫呢？因為我看到了大家對Homer2的執(zhí)著，雖然我也看到大家一直在付費學(xué)習(xí)Homer2的教程，但是從技術(shù)更新發(fā)展的角度發(fā)展來看，Homer2已經(jīng)是落后的了，它的官網(wǎng)已經(jīng)不再維護了，我更推薦大家來關(guān)注Homer3的使用。

Homer3簡介

Homer = Hemodynamic Optical Metabolic Evoked Responses

Homer3 有非常直觀和清晰結(jié)構(gòu)的GUI界面，新用戶很快就能了解并可以進(jìn)行處理 fNIRS 數(shù)據(jù)。Homer3 的主要功能包括：能夠運行處理.snirf 文件；三個層次的分析，即run（session）、subject和Group分析；處理函數(shù)最常用于為每個分析級別建立過程；run/subject/group處理函數(shù)；可導(dǎo)出subject和Group的血流動力學(xué)反應(yīng)函數(shù) (HRF)。

Homer3是基于Matlab平臺運行的開源軟件，用于分析fNIRS時間序列數(shù)據(jù)。

Homer3與Homer2的區(qū)別？

1、相當(dāng)于升級版軟件；

2、界面更簡潔化；

3、模塊更清晰；

4、啟用了新的數(shù)據(jù)格式.snirf文件格式

軟件下載地址：

https://github.com/BUNPC/Homer3

安裝（兩種方式）：

1、電腦上已經(jīng)安裝了MATLAB平臺，官網(wǎng)上建議是64位的MATLAB R2017b。下載好安裝包后通過set paths將安裝包添加到路徑下，在command窗口輸入Homer3即可打開。

2、電腦上沒有MATLAB平臺，通過下載的安裝中的Install文件夾中的setup文件進(jìn)行安裝。

window下雙擊setup.bat進(jìn)行安裝；

Mac下雙擊setup.command進(jìn)行安裝。

軟件界面:

主界面

這是主界面顯示，此界面是最常使用的，包括通道排布，信號顯示、處理、偽跡手動剔除等。

刺激模塊界面

包括編輯marker信號，尤其是Hitachi和shimazdu的數(shù)據(jù)通過代碼轉(zhuǎn)換后，就會失去marker信息，因此需要在此界面進(jìn)行手動的添加。

函數(shù)處理界面

函數(shù)參數(shù)修改界面

通道探頭信息界面

數(shù)據(jù)處理過程簡介：

fNIRS處理步驟的文章，我在之前也寫過，推薦大家閱讀文章《近紅外數(shù)據(jù)處理過程》，在本篇文章中基于Homer3的過程，我將介紹基本的數(shù)據(jù)流程過程。

數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：

目前Homer3僅支持格式snirf，它可以由.nirs格式直接轉(zhuǎn)換得到，因此，針對市面上的近紅外數(shù)據(jù)，最基本的 是 需要轉(zhuǎn)換成.nirs格式?？蓞⒖糎omer2中的轉(zhuǎn)換代碼進(jìn)行（Hitachi、shimazdu以及NIRx等）。

導(dǎo)入數(shù)據(jù)：

要加載數(shù)據(jù)，需要將MATLAB的路徑導(dǎo)航到數(shù)據(jù)文件夾中，或添加數(shù)據(jù)文件夾到MATLAB路徑下。

單個.snirf 文件在 Homer3 中被稱為 Run。運行處理可以實驗group、subject或run進(jìn)行，具體取決于在 GUI 所做的選擇。添加Homer3的包添加到MATLAB路徑下，然后在命令窗口輸入”Homer3“即會在該路徑下尋找.snirf文件，如果沒有則尋找.nirs，它會詢問你是否轉(zhuǎn)換為.snirf文件，點擊yes，然后它還會尋找一個操作過程中的配置文件”.cfg“，第一次沒有，點擊取消，保存默認(rèn)文件即可，最后就會彈出主界面，并在 左下角顯示是否導(dǎo)入數(shù)據(jù)成功。