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        Pytorch常見的坑匯總

        共 3916字,需瀏覽 8分鐘

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        2020-04-02 23:21

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        來自 |?知乎? ?作者 |?郁振波

        地址 |?https://zhuanlan.zhihu.com/p/7792356

        本文僅作學(xué)術(shù)分享,如有侵權(quán),請聯(lián)系刪除最近剛開始用pytorch不久,陸陸續(xù)續(xù)踩了不少坑,記錄一下,個人感覺應(yīng)該都是一些很容易遇到的一些坑,也在此比較感謝幫我排坑的小伙伴,持續(xù)更新,也祝愿自己遇到的坑越來越少。
        首先作為tensorflow的骨灰級玩家+輕微強(qiáng)迫癥患者,一路打怪升級,從0.6版本用到1.2,再用到1.10,經(jīng)歷了tensorfow數(shù)個版本更迭,這里不得不說一下tf.data.dataset+tfrecord使用起來效率遠(yuǎn)比dataloader高的多。tensorflow有一個比較好用的隊列機(jī)制,tf.inputproducer + tfrecord, 但是inputproducer有一個bug,就是無法對每個epoch單獨shuffle,它只能整體shuffle,也就意味著我們無法進(jìn)行正常的訓(xùn)練流程(train幾個epoch,在validation上測一個epoch,最終選一個validation上的最好的結(jié)果,進(jìn)行test)。后來我當(dāng)時給官方提了一個issue,官方當(dāng)時的回答是,這個bug目前無法解決,但是他們在即將到來的tf1.2版本中, 推出的新型數(shù)據(jù)處理API tf.contrib.data.dataset(tf1.3版本將其合并到了tf.data.dataset)可以完美解決這個bug,并且將于tf2.0摒棄tf.input_producer。然后tf1.2版本剛出來以后,我就立馬升級并且開始tf.data.dataset踩坑,踩了大概2周多的坑,(這個新版的API其實功能并不是非常強(qiáng)大,有不少局限性,在此就不展開)。——————————————————————————好像扯遠(yuǎn)了,回歸pytorch,首先讓我比較尷尬的是pytorch并沒有一套屬于自己的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)以及數(shù)據(jù)讀取算法,dataloader個人感覺其實就是類似于tf中的feed,并沒有任何速度以及性能上的提升。先總結(jié)一下遇到的坑:1. 沒有比較高效的數(shù)據(jù)存儲,tensorflow有tfrecord, caffe有l(wèi)mdb,cv.imread在網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練過程中實屬浪費(fèi)時間。這里感謝一下小智大神?@智天成?。解決方案:
        當(dāng)時看到了一個還不錯的github鏈接,https://github.com/Lyken17/Efficient-PyTorch主要是講如何使用lmdb,h5py,pth,lmdb,n5等數(shù)據(jù)存儲方式皆可以。個人的感受是,h5在數(shù)據(jù)調(diào)用上比較快,但是如果要使用多線程讀寫,就盡量不要使用h5,因為h5的多線程讀寫好像比較麻煩。http://docs.h5py.org/en/stable/mpi.html這里貼一下h5數(shù)據(jù)的讀寫代碼(主要需要注意的是字符串的讀寫需要encode,decode,最好用create_dataset,直接寫的話讀的時候會報錯):

        imagenametotal_.append(os.path.join('images', imagenametotal).encode())
        with h5py.File(outfile) as f:
        f.create_dataset('imagename', data=imagenametotal_)
        f['part'] = parts_
        f['S'] = Ss_
        f['image'] = cvimgs

        with h5py.File(outfile) as f:
        imagename = [x.decode() for x in f['imagename']]
        kp2ds = np.array(f['part'])
        kp3ds = np.array(f['S'])
        cvimgs = np.array(f['image'])
        2. gpu imbalance,這里感謝一下張航學(xué)長?@張航老生常談的問題,第一個GPU顯存占用多一點。張航學(xué)長Hang Zhang (張航)提了一個開源的gpu balance的工具--PyTorch-Encoding。使用方法還是比較便捷的,如下所示:
        from balanced_parallel import DataParallelModel, DataParallelCriterionmodel = DataParallelModel(model, device_ids=gpus).cuda()criterion = loss_fn().cuda()
        這里其實有2個注意點,第一,測試的時候需要手動將gpu合并,代碼如下:
        from torch.nn.parallel.scatter_gather import gatherpreds = gather(preds, 0)
        第二,當(dāng)loss函數(shù)有多個組成的時候,比如 loss = loss1 + loss2 + loss3那么需要把這三個loss寫到一個class中,然后再forward里面將其加起來。其次,我們還可以用另外一個函數(shù)distributedDataParallel來解決gpu imbalance的問題.使用方法如下:(注:此方法好像無法和h5數(shù)據(jù)同時使用)
        from torch.utils.data.distributed import DistributedSamplerfrom torch.nn.parallel import DistributedDataParallel
        torch.distributed.init_process_group(backend="nccl")# 配置每個進(jìn)程的gpulocal_rank = torch.distributed.get_rank()torch.cuda.set_device(local_rank)device = torch.device("cuda", local_rank)
        #封裝之前要把模型移到對應(yīng)的gpumodel.to(device)model = torch.nn.parallel.DistributedDataParallel(model,device_ids=[local_rank], output_device=local_rank)
        #原有的dataloader上面加一個數(shù)據(jù)sampletrain_loader = torch.utils.data.DataLoader( train_dataset, sampler=DistributedSampler(train_dataset) )
        3.gpu利用率不高+gpu現(xiàn)存占用浪費(fèi)常用配置:1主函數(shù)前面加:(這個會犧牲一點點現(xiàn)存提高模型精度)
        cudnn.benchmark = Truetorch.backends.cudnn.deterministic = Falsetorch.backends.cudnn.enabled = True
        2訓(xùn)練時,epoch前面加:(定期清空模型,效果感覺不明顯)
        torch.cuda.empty_cache()
        3無用變量前面加:(同上,效果某些操作上還挺明顯的)
        del xxx(變量名)
        4dataloader的長度_len_設(shè)置:(dataloader會間歇式出現(xiàn)卡頓,設(shè)置成這樣會避免不少)
        def __len__(self):return self.images.shape[0]
        5dataloader的預(yù)加載設(shè)置:(會在模型訓(xùn)練的時候加載數(shù)據(jù),提高一點點gpu利用率)
        train_loader = torch.utils.data.DataLoader(        train_dataset,        pin_memory=True,    )
        6網(wǎng)絡(luò)設(shè)計很重要,外加不要初始化任何用不到的變量,因為pyroch的初始化和forward是分開的,他不會因為你不去使用,而不去初始化。7最后放一張目前依舊困擾我的圖片:0b246a601bfa4864763df449778caa25.webp可以看到,每個epoch剛開始訓(xùn)練數(shù)據(jù)的時候,第一個iteration時間會占用的非常多,pytorch這里就做的很糟糕,并不是一個動態(tài)分配的過程,我也看到了一個看上去比較靠譜的解決方案,解決方案如下?@風(fēng)車車

        在深度學(xué)習(xí)中喂飽gpu

        https://zhuanlan.zhihu.com/p/77633542

        但是我看了下代碼,可能需要重構(gòu)dataloader,看了評論好像還有問題,有點懶,目前還沒有踩坑,準(zhǔn)備后面有時間踩一下。暫且更新到這里,后續(xù)遇到什么坑陸續(xù)補(bǔ)充,也歡迎大家給我補(bǔ)充,pytorch初學(xué)者小白一枚。
        更個新;順便吐槽一下上面的dali,局限性很大,比較trick的數(shù)據(jù)預(yù)處理很難搞定。8 apex混合單精度模型事實證明,apex并沒有官網(wǎng)說的那么玄乎,只能減低顯存,并不能提速(12G顯存大概可以降低到8G左右,效果還挺明顯的,但是,速度降低了大概1/3,好像有點得不償失)。編譯之后提速也很有限,再此留個坑,有小伙伴能解決的可以私信我哈,如果可以解決我會仔細(xì)羅列一遍。。


        好文章,我在看??
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