Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這（續(xù)）

之前整理的一篇大綜述 — Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這收到了熱烈反響，閱讀人數(shù)過萬。

行文很長，最后精煉下來的文字近三萬，適合深度閱讀思考。

上次發(fā)出時(shí)，有讀者留言說部分專業(yè)名詞不理解。為了方便理解和對綜述有個(gè)概覽，特整理了下面的思維導(dǎo)圖，對應(yīng)原文，共計(jì)8個(gè)大標(biāo)題，大標(biāo)題下又分有小主題，各個(gè)分支介紹有每個(gè)主題的主要內(nèi)容及采用方法。

內(nèi)容已發(fā)布在石墨文檔，鏈接如下：

https://shimo.im/mindmaps/qQVV3r3Pqx8DVGjC/ 《RNA-seq思路圖（歡迎大家備注、修改，可先創(chuàng)建副本，在副本文件修改）》，可復(fù)制鏈接后用石墨文檔 App 或小程序打開

Note：想要打開全部分支、添加備注或修改信息，請先創(chuàng)建副本，在備份文件打開修改，原文件不支持修改

原文在深度總結(jié)了RNA-seq這些年的同時(shí)，還分享了文中一些名詞的解釋，編譯分享如下，希望有助于進(jìn)一步理解學(xué)習(xí)。

• NGS基礎(chǔ) - FASTQ格式解釋和質(zhì)量評估

• NGS基礎(chǔ) - 高通量測序原理

• NGS基礎(chǔ) - 參考基因組和基因注釋文件

• NGS基礎(chǔ) - GTF/GFF文件格式解讀和轉(zhuǎn)換

• NGS基礎(chǔ) - 測序原始數(shù)據(jù)下載

• 如果不是沒有錢，誰想測3個(gè)重復(fù)？
  

1. Read depth?Read深度：一個(gè)樣本測序得到的reads數(shù)；容易和基因組測序的覆蓋度 (多少基因組區(qū)域被測到了)和測序深度混淆 (單個(gè)核苷酸被測到的次數(shù)或所有核苷酸被測到的平均深度)。

2. Short-read?短讀長：測序得到的長度最大是500 bp的reads，常見的測序片段長度為100-300 bp；本文中的短讀長測序片段代表測到的mRNA片段和降解了的mRNA。

3. Long-read?長讀長：測序得到的超過1000 bp的reads，本文中代表全長或近乎全長的mRNA。

4. Direct RNA sequencing?(dRNA-seq): 直接測序RNA而非cDNA的測序技術(shù)，通常用于測序全長或近全長的mRNA 。

5. Multi-mapped reads?多重比對的reads：從轉(zhuǎn)錄組同源區(qū)域測序得到的reads，不能精確確認(rèn)其轉(zhuǎn)錄本或基因組的來源。

6. Synthetic long reads?合成long reads：通過組裝多個(gè)短讀長得到長讀長的方法。

7. 唯一分子標(biāo)識(shí)符（UMIs）：在擴(kuò)增前，構(gòu)建RNA-seq文庫的時(shí)候加入的短序列或barcodes，理想情況下每條轉(zhuǎn)錄本結(jié)合一個(gè)唯一的標(biāo)識(shí)符，含有此標(biāo)識(shí)符的reads都來源于此轉(zhuǎn)錄本，定量時(shí)只計(jì)算一次?？梢杂脕斫档蚏NA-seq的定量偏好性，在RNA起始量低的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中尤為適用。

8. Read length?讀長：單個(gè)測序reads的長度，short-read RNA測序得到的長度通常是50-150 bp。

9. Sensitivity?敏感性：樣本中多大比例的轉(zhuǎn)錄本會(huì)被測到，敏感性越高，這一比例越高。它受樣本處理、文庫制備、測序和計(jì)算偏好性的影響。

10. Specificity?特異性：度量差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本被正確鑒定出的比例的方法，它受樣本處理，文庫制備，測序和計(jì)算偏好性的影響。

11. Duplication rates?重復(fù)Reads比率：比對到轉(zhuǎn)錄組相同位置的的測序reads的比例。在RNA-seq文庫中，一些轉(zhuǎn)錄本可能有高的重復(fù)率，因?yàn)樗鼈冊跇颖局斜磉_(dá)水平高。高表達(dá)的基因的重復(fù)率很高，而低表達(dá)基因的或許有著最小的重復(fù)率。由此RNA-seq面臨著一個(gè)挑戰(zhàn)，該技術(shù)中大部分重復(fù)可能是高表達(dá)轉(zhuǎn)錄本帶來的真實(shí)信號(hào)，而另一些則是由于擴(kuò)增和測序偏好性造成的。

12. Single-end sequencing?單端測序 (SE)：只測序cDNA片段的一端，因其費(fèi)用低，常用于只關(guān)注差異基因表達(dá)的項(xiàng)目中。（NGS基礎(chǔ) - 高通量測序原理）

13. Paired-end sequencing?雙端測序 (PE)：cDNA片段兩端分別測序，可以測序到cDNA的更多堿基，更好的識(shí)別剪接位點(diǎn)，常于差異基因表達(dá)分析項(xiàng)目。

14. 生物學(xué)重復(fù)：對生物來源不同的樣本的多次檢測，比如來自三個(gè)個(gè)體的組織，用于捕獲生物個(gè)體自身的變化；這個(gè)變化要么是待研究的對象，要么是噪音。相較之下，技術(shù)重復(fù)是對同樣的樣本做重復(fù)的操作—比如，對一個(gè)組織做三次處理。

15. Expression matrix?表達(dá)矩陣：差異表達(dá)RNA-seq項(xiàng)目的核心數(shù)據(jù)文件。每一行代表一個(gè)RNA，比如基因或者轉(zhuǎn)錄本。每一列是一個(gè)測序的樣本。矩陣中的數(shù)值是每個(gè)RNA的reads數(shù)。這些可能是對轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的計(jì)數(shù)估計(jì)，并通常在后續(xù)的分析前先進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化轉(zhuǎn)化。

16. Spike-in control?內(nèi)參：按特定濃度添加到樣品中的外源核酸庫。它們通常是預(yù)先合成的不同濃度的RNA，用于監(jiān)測反應(yīng)效率和技術(shù)方法的偏差和假陰性結(jié)果。

17. Spatialomics?空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)：能保留給定樣本（通常是組織切片）中每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的空間信息的轉(zhuǎn)錄組分析方法。

18. Nascent RNA?新生RNA：剛剛轉(zhuǎn)錄出來的RNA，與已經(jīng)加工并運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞質(zhì)的RNA相對應(yīng)。

19. Translatome?翻譯組：細(xì)胞、組織或生物體中正在翻譯成蛋白質(zhì)的mRNA集合。

20. Structurome?結(jié)構(gòu)組：細(xì)胞、組織或生物體中RNA的二級和三級結(jié)構(gòu)集合。

21. Interactome?互作組：細(xì)胞、組織和生物體中分子相互作用的集合，包括有RNA-RNA或者RNA-蛋白質(zhì)的相互作用。

22. Differential gene expression (DGE)?差異基因：兩個(gè)實(shí)驗(yàn)組中表達(dá)顯著變化的基因。

你可能還想看

往期精品(點(diǎn)擊圖片直達(dá)文字對應(yīng)教程)

后臺(tái)回復(fù)“生信寶典福利第一波”或點(diǎn)擊閱讀原文獲取教程合集