無(wú)需寫(xiě)代碼的高顏值富集分析神器

富集分析是了解一個(gè)基因集功能傾向性的一個(gè)方式，在組學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用廣泛。常見(jiàn)的有基于差異基因的Over-representation分析，也就是常說(shuō)的GO、KEGG富集分析和Functional class scoring分析，如GSEA。這兩種富集分析算法不同，但可以都支持同樣的注釋集，如GO、KEGG或其他類(lèi)型的注釋?；驹瓌t只有一個(gè)：基因集的基因名字與注釋集的基因名字能匹配。剩下的就是了解下原理去操作了。

下面三篇文章建議仔細(xì)多讀幾遍，尤其是原理解釋部分。對(duì)以后的分析事半功倍。做了兩年多的培訓(xùn)的體驗(yàn)是：學(xué)不會(huì)是因?yàn)闆](méi)時(shí)間。時(shí)間用到了，自然就會(huì)了，培訓(xùn)現(xiàn)場(chǎng)的進(jìn)度就是最好的支持證據(jù)。我們的培訓(xùn)希望在3天時(shí)間告訴大家需要3個(gè)月到半年可以掌握的知識(shí)，多讀幾遍也就都會(huì)了 (跑題了)。

• GO、GSEA富集分析一網(wǎng)打進(jìn)

• GSEA富集分析 - 界面操作

• 去東方，最好用的在線GO富集分析工具

• 贈(zèng)你一只金色的眼 - 富集分析和表達(dá)數(shù)據(jù)可視化

今天給大家介紹的是Cytoscape的插件——ClueGO。ClueGO能以網(wǎng)絡(luò)圖的形式來(lái)展示GO富集結(jié)果。

除了在線工具和R代碼，今天帶來(lái)的是網(wǎng)絡(luò)繪制工具Cytoscape的一個(gè)插件ClueGO，支持200多個(gè)物種，支持?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)實(shí)時(shí)更新，支持多個(gè)注釋數(shù)據(jù)集，支持多集合富集結(jié)果比較和網(wǎng)絡(luò)圖展示。配合Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)操作，可以做更多探索。下面看看怎么安裝和使用吧。

ClueGO安裝

官網(wǎng)下載

（http://apps.cytoscape.org/apps/cluego）

Cytoscape的APP Manager中下載

ClueGO激活

ClueGO第一次使用需要按照提示申請(qǐng)license，申請(qǐng)網(wǎng)址為：http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。點(diǎn)擊Request a license key，填寫(xiě)基本信息之后提交審核，審核時(shí)間可能需要幾天。拿到license之后點(diǎn)擊App-ClueGO，在彈出的提示框中輸入license即可激活ClueGO。

簡(jiǎn)單使用ClueGO

1. 上傳數(shù)據(jù)

可以粘貼基因的id、symbol等或從本地上傳文件 (富集分析的基因集只需要基因名字)，我們以ClueGO的示例文件“CluePediaExampleFile_Th1RelatedGenes.txt”為例，并選擇其對(duì)應(yīng)物種和自動(dòng)識(shí)別Gene id類(lèi)型選項(xiàng)。

2.選擇富集數(shù)據(jù)集和富集標(biāo)準(zhǔn)

默認(rèn)是BP（Biological Process），我們?cè)黾映Ｓ玫腃C（Cellular Component）和MF（Molecular Function）

然后勾選以下選項(xiàng)，目的是只顯示p值<=0.05的富集結(jié)果。具體選擇的富集顯著性P value，可自行調(diào)整。

3.富集分析和結(jié)果展示

點(diǎn)擊start開(kāi)始進(jìn)行富集分析

運(yùn)行結(jié)束后，會(huì)跳出一個(gè)簡(jiǎn)述富集結(jié)果信息的提示框，包括物種,?基因名字，匹配的注釋信息，重疊度和冗余度等信息。

Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)視圖中展示的是富集結(jié)果的網(wǎng)絡(luò)圖。每個(gè)節(jié)點(diǎn)是代表性富集通路，節(jié)點(diǎn)的連線表示通路之間的共有的基因數(shù)，顏色表示該節(jié)點(diǎn)的富集情況分類(lèi)(隸屬于哪個(gè)功能組，顏色也可以和表格形式的的ClueGO結(jié)果對(duì)應(yīng))。


結(jié)果導(dǎo)出為矢量圖

結(jié)果保存為表格或Excel格式

ClueGO優(yōu)勢(shì)

1. 物種豐富，并支持手動(dòng)下載

本地有人類(lèi)和小鼠可選，也可根據(jù)需要下載，支持近200個(gè)物種。

2. 物種注釋手動(dòng)更新

(前面推薦的GOEAST是每周更新，這個(gè)可以認(rèn)為是實(shí)時(shí)更新。R中的注釋包相比來(lái)說(shuō)更新的慢了些，需要社區(qū)發(fā)布新版本或自己整理。)

3. 多種網(wǎng)絡(luò)布局和自由網(wǎng)絡(luò)設(shè)計(jì)

多種網(wǎng)絡(luò)布局類(lèi)型選擇

style選項(xiàng)可對(duì)網(wǎng)絡(luò)的顏色，節(jié)點(diǎn)，網(wǎng)絡(luò)等進(jìn)行修改

4. 多個(gè)數(shù)據(jù)集比較

同時(shí)導(dǎo)入2組或多組基因列表，可以進(jìn)行比較分析。

富集結(jié)果：
首先跳出了一個(gè)簡(jiǎn)述富集結(jié)果信息的提示框，和單組分析類(lèi)似，包括物種,?基因名字，匹配的注釋信息，重疊度和冗余度等信息，但是額外統(tǒng)計(jì)了了兩組共有的基因的富集結(jié)果。

Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)視圖中展示的是富集結(jié)果的網(wǎng)絡(luò)圖。

每個(gè)節(jié)點(diǎn)是代表性富集通路，節(jié)點(diǎn)的連線表示通路之間的共有的基因數(shù)，顏色表示該節(jié)點(diǎn)的富集情況分類(lèi)，而兩組單獨(dú)的，綜合的，共有的富集通路等均可在ClueGO results詳細(xì)看到。

5. 鏈接外源數(shù)據(jù)庫(kù)

看到感興趣的基因、通路，可以直接選擇需要的外源數(shù)據(jù)庫(kù)查詢獲得更多信息。

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