《英雄傳說6空之軌跡The 3rd》以凱文神父為主角，講述他與新人騎士兼青梅竹馬的莉絲由于獲取隱者方石而被卷入異空間的冒險(xiǎn)經(jīng)歷。FC、SC中各主要角色都將登場(chǎng)，在游戲中行進(jìn)過程中將一一揭示他們那不為人知的過去。