該游戲的故事發(fā)生在星際迷航：新一代時空中，提供了更好的畫面、增強(qiáng)的多人戰(zhàn)役和流線化界面。在星艦指揮官3中，玩家可控制星艦上所有的船員和系統(tǒng)。玩家需要在裝甲、武器等系統(tǒng)間進(jìn)行資源平衡。星艦可定制增加新的武器、裝甲、感應(yīng)器，玩家還可招募新的船員。游戲中包含了增強(qiáng)的多人模式，玩家可組成艦隊(duì)，在地圖上展開星際旅行，共同戰(zhàn)斗。