頗有才學

馬日磾為著名經學家馬融的族孫 （一作族子 ），年輕時已傳承了馬融的學說，并且以才學入仕朝廷 。曾任諫議大夫、光祿大夫，與議郎盧植、議郎蔡邕、楊彪等一同在東觀典校官藏的《五經》記傳，并參與補續(xù)《東觀漢記》 。

熹平四年（公元175年），馬日磾與光祿大夫楊賜、五官中郎將堂溪典、議郎蔡邕、張馴、韓說、太史令單飏等人上奏，指出經學典籍傳習久遠，訛謬的情況日趨嚴重，請求正訂《六經》的文字。漢靈帝同意他們的建議，遂命楊賜等進行?？?，并將校正過的經籍刻于石碑，立在太學之外，作為經籍正本（即著名的《熹平石經》）。

光和元年（公元178年）七月，漢靈帝因此前頻頻發(fā)生災異，下詔召馬日磾與議郎蔡邕、張華以及光祿大夫楊賜、議郎、太史令單飏至金商門，入崇德殿，讓中常侍曹節(jié)、王甫問他們關于災異及消除變故所應當采取的辦法。

連任三公

中平五年（公元188年），時為射聲校尉的馬日磾升任太尉 。中平六年（189年）四月，馬日磾被罷免。

初平二年（公元191年）七月，時任太常的馬日磾轉任太尉。 同年，司徒王允與呂布等殺死董卓，蔡邕因董卓被殺而嘆息，惹怒王允將他收捕下廷尉，士大夫大多都嘗試拯救但不果，馬日磾聽說后急忙前往對王允說：“伯喈是曠世的奇才，清楚很多漢朝的事，應當讓他續(xù)寫解決后邊的歷史，讓它成為一代重要的典籍。而且他忠誠孝順的名聲一向顯著，獲罪也沒有緣由，殺了他豈不是會喪失威望嗎？”王允說：“過去漢武帝不殺司馬遷，讓他寫出毀謗的書，流傳于后世?，F今國家中途衰落，政權不穩(wěn)固，不能讓奸邪諂媚的臣子在幼主旁邊寫文章。這既不能增益圣上的仁德，又令我們蒙受毀謗議論?！瘪R日磾離去后告訴別人說：“王允大概不能長久于世吧。有道德的人，是國家的綱紀；寫作，是國家的典籍。廢棄了綱紀與典籍，難道還能長久嗎！”蔡邕便死在獄中。

出使關東

初平三年（公元192年），原董卓部將李傕等人攻陷長安，殺死主政的王允并把持朝政。李傕于同年七月庚子日任命馬日磾為太傅、錄尚書事。一個月后與太仆趙岐持節(jié)安撫關東（函谷關以東） ，以向關東諸侯示好。馬日磾便順道拜授袁術左將軍、陽翟侯的官爵。

憂憤而死

馬日磾到壽春后，曾舉薦、征辟朱治 、孫策 、華歆 等人為官。馬日磾多次有求于袁術，袁術便輕侮他，借故問他取符節(jié)觀看，趁機搶奪不還，并強迫他辟命自己軍中將士十多人，馬日磾對袁術說：“你先世諸公征辟掾屬怎么做？你要催我征辟，難道認為公府的掾屬可以靠劫迫得到嗎？”馬日磾不能索回符節(jié)，于是要求離去，但又被袁術阻止，更試圖強逼馬日磾任其軍師。馬日磾因為他被強搶符節(jié)而感到屈辱，于興平元年（公元194年）在壽春憂憤嘔血而死。

身后議論

建安二年（公元197年），馬日磾遺體被送回許都，朝廷想加以禮葬，少府孔融議論說：“馬日磾憑上公的尊貴身份，持天子的髦節(jié)，奉命處理地方事務，安寧東夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名補用，馬日磾都是第一個。依附下級，欺騙朝廷，奸詐事君。從前國佐敵晉軍，不為其折服，宜僚當著白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣難道可以受威脅為借口嗎？而且袁術越級叛逆，不是一朝一夕的事，與日磾隨從，周旋歷年。《漢律》規(guī)定：與罪人往來三天以上，都應該知道他的情況。《春秋》說：魯叔孫得臣死了，為了不張揚襄仲的罪貶，不寫日子。鄭討伐幽公，砍薄子家的棺材，因為他殺君的緣故。陛下可憐舊臣，不忍追究定罪，已經很寬大了，不應該再加禮?！背⒈悴杉{他的意見。