杜君綽祖父杜謐，是北齊時(shí)期的秀才，后被任命為中山郡功曹、縣令。父親在唐朝時(shí)因杜君綽的戰(zhàn)功被追贈(zèng)為汝州刺史。杜君綽在義寧初時(shí)，投身義軍。后歸附唐朝，跟隨秦王李世民征討各地軍閥，參加過(guò)討伐劉武周、宋金剛等各種戰(zhàn)爭(zhēng)。

武德九年六月初四，李世民率尉遲敬德、侯君集、張公謹(jǐn)、劉師立、公孫武達(dá)、獨(dú)孤彥云、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗等九將伏兵于玄武門(mén)(長(zhǎng)安太極宮北面正門(mén))內(nèi)，殺死太子李建成、齊王李元吉，奪得帝位。以功被封為開(kāi)國(guó)縣侯，實(shí)食綿州食邑四百戶。

李世民即位后杜君綽晉升為懷寧縣開(kāi)國(guó)公，食邑一千戶。任忠武將軍，行左監(jiān)門(mén)中郎將，加護(hù)軍。擔(dān)任玄武北門(mén)、翠微宮、玉華宮等宮殿的守將，貞觀二十三年(649年) ，正除右領(lǐng)軍將軍，加上護(hù)軍。

永徽初年(650年) ，兼任檢校左武衛(wèi)將軍，又檢校右武侯大將軍，兼知右?guī)T門(mén)兵馬隊(duì)使。不久調(diào)往東都洛陽(yáng)任留守，改左領(lǐng)軍將軍，加上柱國(guó)。高宗巡視洛陽(yáng)時(shí)，曾賞賜黃金一百兩，絹一百五十匹。并跟隨御駕前往許州，敕封檢校左衛(wèi)將軍?；鼐┖笥謾z校右衛(wèi)將軍(正職是左領(lǐng)軍將軍，其他將軍職務(wù)是臨時(shí)代理)，不久又兼任太子左衛(wèi)率一職 。

龍朔元年(661年) ，任雅相為浿江道行軍總管，契苾何力為遼東道行軍總管，蘇定方為平壤道行軍總管，蕭嗣業(yè)為扶余道行軍總管，右驍衛(wèi)將軍程名振為鏤方道行軍總管，左驍衛(wèi)將軍龐孝泰為沃沮道行軍總管，率諸蕃三十五軍再次進(jìn)討高句麗，杜君綽任遼東道經(jīng)略大使，經(jīng)略高句麗諸地。唐軍擊敗泉男生所率的高句麗軍，斬首三萬(wàn)級(jí)后班師回國(guó)。杜君綽以功拜左領(lǐng)軍大將軍。

龍朔二年(662年) ，杜君綽冊(cè)拜左戎衛(wèi)大將軍，兼太子左典戎衛(wèi)率。十月二十五日(662年12月11日)上朝時(shí)，死于禁廡之中。高宗下詔追贈(zèng)為使持節(jié)都督荊、硤、岳、朗四州諸軍事，荊州刺史，謚曰襄公，陪葬于昭陵。嗣子王府參軍、上柱國(guó)杜延基 。