出身

黃乃裳 出生于福州府閩清縣六都湖峰村，家中世代務(wù)農(nóng)，其父兼為木匠，家境貧寒。黃乃裳少年時半耕半讀，以奉養(yǎng)家庭。

皈依基督教

同治五年（1866年），基督教美以美會的薛承恩、謝錫恩、李承恩等牧師來閩清傳教，黃乃裳與他們研討教理，是年十一月，黃乃裳與其叔黃福居受薛承恩牧師洗禮，皈依了基督教。信教之初，黃乃裳等人受到了村民的排擠，但由于村人同屬于一個宗族，教徒們并沒有受到更大的傷害。后來，皈依者漸多。1867年冬，許揚美牧師被派到閩清傳道，將黃乃裳收為助手，授勸士職，并向他講授圣經(jīng)。自此黃乃裳開始研修英文，接觸和學(xué)習(xí)西方文化知識。談到皈依基督教的原因，黃乃裳認(rèn)為他因為信仰孔孟之道的人言行不一而感到困惑，而在基督教中才找到了勝諸罪惡的途徑。

供職美以美會

同治八年（1869年），黃乃裳母親去世，他一度哀傷成疾。這一年，黃乃裳考進(jìn)為美以美年議會會員，派主福州東街福音堂傳教。1871年起，隨許揚美牧師在古田、尤溪、沙縣、順昌、洋口、延平等地傳教。1873年夏，黃乃裳與元配謝氏結(jié)婚，謝氏是侯官五都謝必福的長女，畢業(yè)于公理會保福山中女學(xué)校。是年秋，被推舉為美以美年議會書記，并連續(xù)5年擔(dān)任該職。

1871年，黃乃裳被保靈牧師（Rev. S. L. Baldwin）聘為文案，此后翻譯《美以美會綱例》，作《拜日學(xué)之庇哩亞問答》百余冊，主辦《郇山使者》月報數(shù)十冊，同時也幫助薛承恩牧師翻譯《天文圖說》、《圣經(jīng)圖說》和《衛(wèi)斯理傳》，幫助武吉林牧師翻譯《丁大理傳》、《哥林多注》等書籍，并在業(yè)余從事用福州語翻譯舊約但以理書的工作。

黃乃裳力倡建立福音、培元、英華3個教會書院。光緒七年（1881年），福州初設(shè)英華書院，面對教會中一部分傳教士的反對，黃乃裳和英華校長武林吉等人力挺在英華、福音、培元三校傳授英文和科學(xué)，并與二弟黃乃英等人參與授課。

投身科舉

在教會期間，黃乃裳有感于教會中缺乏有重大社會影響力的文人學(xué)士和上流社會人才，因此他決定走上傳統(tǒng)的科舉道路，通過科舉仕途來擴(kuò)大基督教的影響。光緒三年（1877年），黃乃裳以第二名中了秀才。光緒甲申年（1884年），黃乃裳父親病故。光緒二十年（1894年），黃乃裳以第三十名中舉人。

百日維新前后

光緒二十年（1894年），中日甲午戰(zhàn)爭爆發(fā)。在黃海海戰(zhàn)中，黃乃裳的三弟，擔(dān)任致遠(yuǎn)艦副管帶的黃乃模與鄧世昌一起殉國。黃乃裳深慨國家內(nèi)憂外患，政治腐敗，社會墮落，于是棄八股而從新學(xué)。他在北京結(jié)交了康有為，并參與了公車上書運動。1896年，在福州創(chuàng)辦了福建最早的報紙《福報》，鼓吹維新。

光緒二十三年（1897年）入京會試，被選為拔貢。八次上書要求維新。戊戌變法開始以后，結(jié)交六君子，并向李鴻章、翁同和講述新學(xué)，與丁韙良、劉海瀾討論變法維新。變法失敗之后，遭清政府通緝，乘船赴上海避難，旋即回閩。

墾殖南洋

戊戌變法失敗以后，黃乃裳回到福建。念及福建民生困難，他想到前往南洋尋覓可以移民墾殖的地點，一方面為窮困的同胞開辟生活的路徑，另一方面也為逃避慈禧的專制統(tǒng)治。

勘察訂約

1899年9月，黃乃裳舉家來到新加坡，并擔(dān)任《星報》主筆。在此期間，他到馬來亞、蘇門答臘、荷屬東印度群島等地勘察移民點。1900年4月，在女婿林文慶的介紹下，黃乃裳前往砂拉越的拉讓江流域考察。當(dāng)時砂拉越地廣人稀，荒地眾多，因此拉者很希望華人來墾荒。古晉的閩南籍華人甲必丹王長水將黃乃裳引薦給砂拉越第二代拉者查爾斯·布魯克。1900年5月下旬，黃乃裳以港主的身份與查爾斯·布魯克訂立懇約，選定今日詩巫郊區(qū)新珠山為墾區(qū)。墾區(qū)在拉讓江兩岸，右起船溪美祿到羅馬灣，左起亞山港到開汊港為止。砂拉越政府負(fù)責(zé)貸款給移民。

開墾詩巫

第一批移民

1900年9月，黃乃裳與永福人力昌抵閩開始招工。黃在閩清、古田、閩侯等地招到五百余人，而力昌在永福只招到數(shù)人。1900年12月23日，幫辦力昌與陳觀斗先行率領(lǐng)第一批移民91人由福州乘“豐美”號船動身前往詩巫。這91人都來自閩清、古田，男女老幼皆有，而且來自士農(nóng)工商醫(yī)等各行各業(yè)。8日后船抵新加坡。翌年1月12日才接著前往詩巫，其間有部分人離開，因而1901年2月20日抵達(dá)詩巫新珠山的第一批福州籍移民一共為72人。

第二批移民

1901年2月7日，黃乃裳親自帶領(lǐng)第二批535名福州籍移民由福州起航，經(jīng)廈門來到新加坡。在新加坡，移民誤信謠傳以為被“賣豬仔”，一度發(fā)生騷亂。黃乃裳矢誠誓言，并得美以美教會林稱美牧師前來安撫，騷動才得平息。1901年3月5日，移民們乘船離開新加坡，經(jīng)古晉入拉讓江口，3月16日，船中的古田籍移民在黃師來（王士來）登陸，閩清籍移民前往詩巫登陸。

第三批移民

1902年1月，黃乃裳在閩侯、閩清、永泰、古田、屏南、福清等縣邑招到五百余農(nóng)工。黃乃裳租用一艘美國商船，率移民于1902年5月24日由福州啟程，經(jīng)香港直達(dá)古晉，6月7日到達(dá)詩巫。至此黃乃裳召集的一共1118名福州墾荒者全部抵達(dá)，其中基督徒占到了三分之二。

墾場經(jīng)營

黃乃裳將詩巫命名為“新福州”。為了經(jīng)營墾場，黃乃裳前后兩次共向拉者借貸4萬元，建6間亞答厝于新珠山，作為農(nóng)工的住處。新珠山早期名為“船溪買拉”（Sungei Merah），馬來語意即紅水河，因其水呈紅褐色。黃乃裳更其地名為新厝安（馬來語：Seduan），期望此地能順利開墾安家。

黃乃裳分給每個農(nóng)工5英畝地來種植。初來乍到的福州人不習(xí)慣當(dāng)?shù)氐臍夂颍嘤腥静?，且要去摸索新的耕作技術(shù)，生活十分艱苦。

為方便民眾，黃乃裳在詩巫埠江邊建立店鋪，名為“新福州墾場公司”（也叫“新福州總公司”），僅出售米鹽糖布和咸魚等，以福州農(nóng)工為主顧。因墾場經(jīng)營困難，黃乃裳在新珠山、上坡、下坡、黃師來、南村等各墾場收十分之一的捐來維持經(jīng)營。在詩巫期間，黃乃裳倡建五所教堂，一所小學(xué)校。

1903年元宵，福州族群與后來遷入的廣府族群在舞龍舞獅活動中發(fā)生械斗，經(jīng)黃乃裳與廣東僑領(lǐng)鄧恭叔等排解才得平息。此后為避免械斗，拉者令福州人往拉讓江詩巫以下發(fā)展，廣府人往詩巫以上發(fā)展。這種劃分規(guī)定直到1941年才被打破。

返鄉(xiāng)歸國

1904年6月，在開墾詩巫4年之后，黃乃裳將墾場的管理工作托付給美國牧師富雅各（Rev. James Mathews Hoover），悄然回國。

關(guān)于黃乃裳回國的原因，據(jù)他自己說，是因墾務(wù)已成，自己身體又欠佳，且欲回國參與革命事宜。而美以美教會的傳記中僅僅提到是因為受孫中山感召而欲回國宣傳革命。另一個重要原因在于墾場的經(jīng)營不力，黃乃裳債務(wù)加重，向移民收捐來維持墾場運轉(zhuǎn)，引起拉者政府的不滿，最終迫使黃乃裳離開。劉子政在他的書中提到了當(dāng)時墾區(qū)流傳著黃乃裳只抽古田人的捐而不收閩清人的捐等謠言；并且黃乃裳虧欠古田人劉鼎臣藥店錢款，被劉鼎臣控訴于拉者政府，導(dǎo)致拉者要求他或是償清債務(wù)，或是取消捐稅并離開砂拉越；另外一點就是拉者擔(dān)心黃乃裳的勢力過大，影響他的統(tǒng)治。而中國福州的地方志中將黃歸國的原因歸結(jié)為因黃乃裳拒絕在墾區(qū)賣鴉片、開賭場而觸怒沙撈越政府，被當(dāng)局驅(qū)逐。

黃乃裳離開后，富雅各牧師繼續(xù)帶領(lǐng)福州移民墾殖，并引種橡膠，使得詩巫的經(jīng)濟(jì)逐步繁榮起來。

歸國之初

光緒二十六年（1904年）7月，黃乃裳在經(jīng)新加坡抵上?；貒?，在上海會見了旅滬閩籍學(xué)生以及宋教仁、蔡元培、馬相伯等人。1905年受聘主辦廈門《福建日日新聞》，因美國吞并菲律賓后嚴(yán)格限制閩人移民菲律賓，黃乃裳在報紙中抨擊了美國政府，導(dǎo)致報紙被罰停刊，復(fù)刊后更名為《福建日報》。

光緒三十二年（1906年）6月，黃乃裳在新加坡會見了孫中山并加入同盟會，此后他在國內(nèi)外各地宣傳革命，抨擊康梁的保皇說。光緒三十三年（1907年）參與策劃了潮州黃岡起義，同年回到故鄉(xiāng)閩清創(chuàng)辦教育和實業(yè)。

君主立憲改革

宣統(tǒng)元年（1909年），清政府開始推行立憲，福建成立了福建省咨議局，黃乃裳被推舉為常駐議員，他也是當(dāng)時咨議局議員中唯一一位同盟會會員。在咨議局，黃乃裳提交了大量詳細(xì)的議案，比如設(shè)立水上警察部隊、振興和管理福建的農(nóng)業(yè)與林業(yè)、將福建劃為4個次級行政單位（原來的是9個）并分別創(chuàng)建農(nóng)業(yè)學(xué)校、禁止種植鴉片等等。對于佃農(nóng)向省咨議局提請的申訴，他站在佃農(nóng)一邊與其他議員進(jìn)行辯論。1910年，黃乃裳開始擔(dān)任福州基督教青年會會長。

中華民國創(chuàng)建

宣統(tǒng)三年（1911年），黃乃裳擔(dān)任英華、福音、培元三校教務(wù)長。2月，在福州主辦《左海公道報》。福州光復(fù)前夕的3月18日晚，他將學(xué)生集合于自己家中編為炸彈隊。3月19日福州光復(fù)，同孫道仁一起率橋南社黨部入城安民并組織臨時軍政府，黃乃裳任政務(wù)院副院長兼交通司司長。為解決臨時政府的財政困境，他以個人名義電請南洋華僑捐款。

辭去公職

在任上，黃乃裳致力于振興教育和實業(yè)，積極吸引僑商投資。因勞累過度，1912年以病辭職返鄉(xiāng)。關(guān)于黃乃裳辭職的另一說是，在1912年，福建省政府政務(wù)院院長湖南籍軍官彭壽松被指責(zé)打壓閩籍官員，以及策劃謀殺一名閩籍官員和一位在報紙上抨擊他的記者。黃乃裳不滿于彭壽松的暴虐，辭去公職，并積極幫助起訴彭壽松。但在壓力下，省法院判彭無罪，直到北京方面施加壓力以及彭壽松與湖南軍隊調(diào)離福建以后，省法院才宣判彭有罪。同年，他也辭去了福州基督教青年會會長之職。返鄉(xiāng)以后，黃乃裳在閩清興辦教育和水利。

受迫害入獄

1914年正月，袁世凱為迫害同盟會會員，指使閩清縣知事誣陷黃乃裳阻撓煙禁，并判其無期徒刑入獄。在海內(nèi)外多方營救下，政府?dāng)?shù)月后釋放黃乃裳，福建省長汪聲玲也因處理失當(dāng)而被撤職。

晚年活動

出獄后，黃乃裳致力于在閩清開鑿福斗圳用于農(nóng)業(yè)灌溉，工程于1919年2月完工。1916年，他在福州創(chuàng)辦伸報。

1920年12月1日，孫中山在廣州重組軍政府，為福建軍閥李厚基所不容的黃乃裳離開福建，應(yīng)邀出任元帥府高等顧問。1921年6月，因身體原因返閩休假。在福建期間，先后被林森和薩鎮(zhèn)冰聘為福建省長公署高等顧問。

1924年7月，黃乃裳因肝病回閩清休養(yǎng)。同年9月22日病逝于閩清城關(guān)梅城鎮(zhèn)。