建武元年（494年），齊明帝登基后，蕭寶義被封為持節(jié)、都督揚(yáng)南徐州軍事、前將軍、揚(yáng)州刺史。封為晉安郡王，食邑三千戶。因蕭寶義不堪與別人會面，故止于加除授，以始安王蕭遙光代行其職務(wù)。蕭遙光主動請求辭去南徐州都督，獲準(zhǔn)。后轉(zhuǎn)蕭寶義為右將軍，領(lǐng)兵置佐，鎮(zhèn)守石頭城。

建武二年（495年），出為使持節(jié)、都督南徐州軍事、鎮(zhèn)北將軍、南徐州刺史。其嫡弟東昏侯蕭寶卷即位后，進(jìn)位為征北大將軍，開府儀同三司，賜給儀仗。永元元年（499年），給班劍二十人。始安王蕭遙光被誅后，為都督揚(yáng)南徐二州軍事、驃騎大將軍、揚(yáng)州刺史，持節(jié)如故。東府被兵火，屋宇燒殘，蕭寶卷當(dāng)時(shí)建營宮殿，沒有時(shí)間修葺。蕭寶義鎮(zhèn)守西州。

永元三年（501年），進(jìn)位為司徒。齊和帝建成西臺，以蕭寶義為侍中、司空，使持節(jié)、都督、刺史如故。梁王蕭衍平定京邑后，宣德太后下令以蕭寶義為太尉，領(lǐng)司徒之位。下詔曰：“不言之化，形于自遠(yuǎn)?！碑?dāng)時(shí)的人皆說此為實(shí)錄。

梁武帝受禪后，因蕭寶義是聾啞人，沒有政治威脅力，就沒有傷害他性命，封他為謝沐縣公。在被廢為巴陵郡王的蕭寶融死后，梁武帝再封蕭寶義為巴陵郡王，以奉養(yǎng)齊祀。天監(jiān)八年七月癸巳（509年8月18日）薨，謚隱王。兒子蕭屏襲封巴陵郡王。