dcm2niixDICOM 到 NIfTI 格式轉(zhuǎn)換器

dcm2niix 被設(shè)計用來將神經(jīng)影像數(shù)據(jù)從 DICOM 格式轉(zhuǎn)換為 NIfTI 格式。MRIcroGL 中包含了用于 Linux、macOS 和 Windows 的最新穩(wěn)定版本的編譯版本。該軟件的完整手冊以 NITRC wiki 的形式提供。

依賴性

這個軟件可以在 macOS、Linux 和 Windows 上運行，通常不需要任何其他軟件。然而，如果你使用 dcm2niix 來創(chuàng)建 gz 壓縮圖像，安裝了 pigz 的情況下速度會更快。你可以通過下載 MRIcroGL 獲得為你的操作系統(tǒng)編譯的 dcm2niix 和 pigz 的版本。

圖像轉(zhuǎn)換和壓縮

DICOM 提供了許多存儲/壓縮圖像數(shù)據(jù)的方法，被稱為傳輸語法。COMPILE.md 文件描述了關(guān)于如何啟用不同選項以提供對更多格式的支持的細節(jié)。

• 基本代碼包括對原始、運行長度編碼和經(jīng)典 JPEG 無損解碼的支持；
• 有損的 JPEG 是由內(nèi)含的 NanoJPEG 處理，這種支持是模塊化的：你可以為 libjpeg-turbo 編譯或完全禁用它。
• JPEG-LS 無損支持是可選的，可以通過使用 CharLS 來提供。
• JPEG2000 有損和無損支持是可選的，可以使用 OpenJPEG 或 Jasper 來提供。
• GZ 壓縮（例如，創(chuàng)建 .nii.gz 圖像）是可選的，可以使用內(nèi)含的 miniz 或流行的 zlib 提供。特別值得注意的是，Cloudflare 的 zlib 利用現(xiàn)代硬件（自2008年起可用）進行非?？焖俚膲嚎s。另外，你也可以不使用gzip壓縮器來編譯dcm2niix。無論你如何編譯 dcm2niix，它都可以使用外部程序 pigz 進行并行壓縮。

安裝

有幾種方法可以安裝 dcm2niix

• Github Releases 提供最新編譯的可執(zhí)行文件。這是 MacOS 和 Windows 用戶的絕佳選擇。但是，提供的 Linux 可執(zhí)行文件需要最新版本的 Linux（例如 Ubuntu 14.04 或更高版本）
• 運行以下命令以獲取適用于 Linux、Mac 或 Windows 的最新版本：
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zip
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac.zip
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac_arm.pkg
  • curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_win.zip
• 如果你有一臺裝有 Homebrew 的 macOS 電腦，你可以運行brew install dcm2niix.
• 如果你有 Conda，執(zhí)行conda install -c conda-forge dcm2niix在 Linux、MacOS 或 Windows 上安裝。
• 在 Debian Linux 計算機上，您可以運行sudo apt-get install dcm2niix.