他曾于1982年8月至1991年9月?lián)螌W(xué)校教師；

1991年9月到1998年3月歷任上杭縣委辦公室科員、科長，上杭縣委黨建辦公室副主任，上杭縣委辦公室副主任、主任科員；

1998年3月至2002年5月，歷任上杭縣中都鎮(zhèn)黨委副書記、鎮(zhèn)長，黨委書記；

2002年6月至2006年5月上杭縣委辦公室主任，上杭縣委常委；

2006年5月至2009年8月?lián)紊虾伎h委常委、統(tǒng)戰(zhàn)部部長、非公經(jīng)濟黨工委書記。

林水清現(xiàn)已經(jīng)辭去公務(wù)員身份，現(xiàn)任紫金礦業(yè)集團股份有限公司監(jiān)事長（監(jiān)事會主席，監(jiān)事會召集人，2009年11月5日——2012年11月4日）。

2017年1月，當(dāng)選為紫金礦業(yè)集團黨委副書記。

紫金礦業(yè)(02899)發(fā)布公告，公司第七屆監(jiān)事會2022年第3次臨時會議于2022年12月9日召開，會議同意推舉林水清為公司第八屆監(jiān)事會監(jiān)事候選人。

2022年12月30日，紫金礦業(yè)在總部召開2022年第一次臨時股東大會，大會完成了董事會、監(jiān)事會換屆。林水清當(dāng)選第八屆監(jiān)事會主席。