【Linux】PATH和path，傻傻分不清
習慣了Windows電腦下的所見即所得，找到程序或文件雙擊即可運行或打開；于是我們被慣得以為電腦會像人一樣聰明，給他一個名字就可以運行程序或打開文件；于是在命令行下或程序里不斷碰壁，為啥這個命令不運行了呢？
我們不能太高估電腦（或操作系統(tǒng)），不要以為只要輸入一個程序名或文件名，電腦（或操作系統(tǒng)）就可以滿硬盤的去找這個文件在哪；這一來效率太低了，二來重名了怎么辦？比如有2個文件都叫“子房.txt”，一個存儲漢初三杰之張良，一個存儲被子植物生長種子的器官；可能打開前我們自己也不知道要開哪個吧。
想一下，我們在Windows下尋找文件時，是不是先打開我的電腦，然后打開D盤，打開學習目錄，再打開學習計劃.docx這個文件。即便我們從來沒有執(zhí)行過這個計劃，每天我們還是不厭其煩的一層層打開然后制定新的計劃。只是，我們忽略了這個一層層打開。
path我們一般指文件的路徑，也就是一層層打開的過程。以Linux為例：
我們要查看一個在自己家目錄下的文件 I_am_home.txt，那登錄后，直接可見：
YSX@ehbio:~$ tree
.
├── I_am_home.txt
└── train
├── amplicon
│ └── pipeline_amplicon.sh
├── metagenome
│ └── pipeline_metagenome.sh
├── population_genomics
│ └── pipeline_gatk.sh
├── single_cell
│ ├── Scanpy.ipynb
│ └── Seurat.Rmd
└── transcriptome
└── pipeline_salmon.sh
YSX@ehbio:~$ head I_am_home.txt
I am home!那如果想看Seurat.Rmd，怎么查看？一步步找下去就對了。
YSX@ehbio:~$ less Seurat.Rmd
Seurat.Rmd: 沒有那個文件或目錄
YSX@ehbio:~$ less train/Seurat.Rmd
train/Seurat.Rmd: 沒有那個文件或目錄
YSX@ehbio:~$ less train/single_cell/Seurat.Rmd也可以一步步先做目錄切換，然后再查看
YSX@ehbio:~$ cd train
YSX@ehbio:~/train$ cd single_cell/
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ less Seurat.Rmd那如果你這時你想運行pipeline_metagenome.sh快速分析宏基因組數(shù)據(jù)怎么辦？
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
-bash: pipeline_metagenome.sh: 未找到命令pipeline_metagenome.sh命令去哪兒了？上面我們都看到了，就在metagenome目錄下，為啥電腦（操作系統(tǒng)）這么笨卻找不到？另外為什么運行head就可以找到？難道有一些黑魔法在里面？
確實是有一些黑魔法的，不過我們一般稱之為規(guī)則。
操作系統(tǒng)為了便捷性和安全性，定義了一系列環(huán)境變量，存儲常用信息，PATH (注意全是大寫)是其中一個。
PATH: 是存放有(可執(zhí)行)命令和程序的目錄集合；在操作系統(tǒng)接到用戶輸入的命令時，會對PATH存儲的目錄進行查找，看下是否有與用戶輸入的命令同名的文件存在，而且是從前到后一個個查找，而且是查到就停，最后查不到就報錯。（從這幾個加粗的文字，可以看到操作系統(tǒng)很懶，當然懶是好的程序員的必備屬性。）
我們先看下PATH里面存了哪些目錄？
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ echo $PATH
/usr/bin:/usr/local/bin在我們前面輸入head命令時，操作系統(tǒng)收到回車指令后，先去看下$PATH里面有哪些目錄，然后從第一個/usr/bin開始尋找，很幸運，一下找到了/usr/bin/head文件，嘗試運行，成功。所以在這個情況下，我們輸入head等同于輸入/usr/bin/head。那這個會不會給我們一些啟發(fā)呢？
我們只要提供pipeline_metagenome.sh的路徑就可以運行了。
# 相對路徑
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ ../metagenome/pipeline_metagenome.sh
# 絕對路徑
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ ~/train/metagenome/pipeline_metagenome.sh
# 再絕對一些
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ /home/YSX/train/metagenome/pipeline_metagenome.sh程序可以運行了，但是不是寫起來太麻煩了？既然head可以只寫命令，系統(tǒng)就可以幫著我們?nèi)フ遥敲次覀兪欠褚部梢园?code style="font-size: 0.85em;font-family: Consolas, Inconsolata, Courier, monospace;margin: 0px 0.15em;padding: 0px 0.3em;white-space: pre-wrap;border-width: 1px;border-style: solid;border-color: rgb(234, 234, 234);background-color: rgb(248, 248, 248);border-radius: 3px;display: inline;">/home/YSX/train/metagenome/放到PATH里面。這就是如何去設置環(huán)境變量了。
# 給原變量PATH后面加一個路徑（絕對路徑），冒號(:)分割
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/
# 導出變量，使其對系統(tǒng)（Shell）可見
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH
# 上面兩句可以合并為一句，如下：
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/
# 再次運行，可以運行了
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
# 看下PATH存儲的目錄，多了我們的新增
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ echo $PATH
/usr/bin:/usr/local/bin:/home/YSX/train/metagenome/
這樣就新增一個目錄到環(huán)境變量里面了，可以依次繼續(xù)增加更多目錄。
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/:/home/YSX/train/amplicon/有時我們也會看的這樣的寫法：export PATH=my_path:$PATH，這與export PATH=$PATH:my_path有什么區(qū)別呢？
回顧下這幾個關鍵字：從前到后，查到就停。寫出官話就是：PATH中越靠前的路徑優(yōu)先級越高。這有什么用處呢？
比如，一般的操作系統(tǒng)都會有系統(tǒng)的python和R，通常版本比較老，我們作為普通用戶也沒權限修改。
那怎么辦？自己裝一份，然后用自己的，這時就涉及到優(yōu)先級問題了。
假如我在/home/YSX/soft/anaconda/bin下安裝了一個python，那么我需要設置優(yōu)先調(diào)用我自己的python，設置環(huán)境變量時，我就得把/home/YSX/soft/anaconda/bin放到前面，如export PATH=/home/YSX/soft/anaconda/bin:$PATH。如果反過來寫，就/usr/bin/python優(yōu)先被調(diào)用了。
# which 常用工具，查看當前調(diào)用的程序的具體來源
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ which python
/usr/bin/python
# 優(yōu)先調(diào)用自己的python
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=/home/YSX/soft/anaconda/bin:$PATH
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ which python
/home/YSX/soft/anaconda/bin/python環(huán)境變量學會怎么設置了，關機，下班，睡覺。
第二天早上起來，打開電腦，再運行程序
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ which python
/usr/bin/python
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
-bash: pipeline_metagenome.sh: 未找到命令結果發(fā)現(xiàn)昨天的設置都無效了，去生信寶典群里提問 “有誰對Linux比較精通？”。半晌，無人響應，敢說自己精通的不多。
后來，有好心人回復“你遇到什么問題，具體描述下？”
經(jīng)過半個小時的溝通，理清了，關鍵點：環(huán)境變量設置后失效了，怎么長期有效？
如果早這么問，估計程序都運行完了。
這時需要用到另一個規(guī)則: 登錄遠程服務器時，系統(tǒng)會自動運行~/.bash_profile里面的命令，所以把前面寫的這句話export PATH=/home/YSX/soft/anaconda/bin:$PATH:/home/YSX/train/metagenome/:/home/YSX/train/amplicon/放到文件~/.bash_profile里面就好了。
文件輸入后，不要忘記source ~/.bash_profile使設置生效（當然，關掉登錄窗口，再次登錄也可以）。
以上就是Linux系統(tǒng)的環(huán)境變量設置，Windows系統(tǒng)的環(huán)境變量擇日再推一期，喜歡的話不妨多多關注。
其它被忽略的事情
其它環(huán)境變量
環(huán)境變量PATH：
定義可執(zhí)行程序的目錄
LD_LIBRARY_PATH：
定義動態(tài)庫的目錄
PYTHONPATH：
定義Python包的目錄
PERL5LIB：
定義Perl模塊的目錄
.bashrc和.bash_profile
~/.bashrc本地登錄時讀取 （文件若無，可新建）
~/.bash_profile遠程登錄時讀?。ㄎ募魺o，可新建）
如果想在系統(tǒng)層面設置環(huán)境變量，應該寫到
/etc/profile.d/custom.sh里面（文件若無，可新建）。軟件安裝
往期精彩回顧
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