ChIP-seq基本分析流程

前年在中科院做培訓(xùn)時(shí)，整理了一套ChIP-seq分析流程，截選實(shí)戰(zhàn)部分，略作修改，分享出來(lái)，希望大家指正。

那次培訓(xùn)內(nèi)容比較雜，還有關(guān)于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等數(shù)據(jù)庫(kù)的使用, 前面已經(jīng)分享過(guò)，鏈接如下：

• UCSC XENA - 集大成者(TCGA,  ICGC)

• ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)使用

• TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)在線使用

下面步入正題，這套流程從ChIP-實(shí)驗(yàn)、測(cè)序注意事項(xiàng)、測(cè)序深度，到分析整體流程，再到每一步如序列比對(duì)，富集效率評(píng)估、熱圖、峰圖可視化，deeptools2使用、peak calling和motif分析等。

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