推薦 | Pair，醫(yī)學(xué)圖像標(biāo)注神器
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在AI新基建時代，智能化醫(yī)療成為一種潮流趨勢，其中醫(yī)學(xué)影像標(biāo)注為智能化醫(yī)療研究提供了基礎(chǔ)金標(biāo)準(zhǔn)。但現(xiàn)有軟件無法滿足標(biāo)注項目的復(fù)雜需求。因此，本文為大家推薦一款一站式醫(yī)學(xué)圖像標(biāo)注軟件Pair，解決所有“不可以”。
Pair致力于成為最優(yōu)秀、最專業(yè)、最懂醫(yī)生的國產(chǎn)醫(yī)學(xué)影像標(biāo)注軟件。
繁瑣枯燥的圖像標(biāo)注工作常常讓人倍感壓力，尤其是醫(yī)學(xué)影像標(biāo)注領(lǐng)域，標(biāo)注需求差異巨大、標(biāo)注場景復(fù)雜多變，而標(biāo)注者卻面臨著沒有一款可以通用的標(biāo)注軟件的尷尬情形。
臨床診斷往往涉及多種數(shù)據(jù)模態(tài)，如MRI、X光、超聲等；多種數(shù)據(jù)格式，如圖像、視頻、三維數(shù)據(jù)等，對標(biāo)注軟件的兼容性有著極高的要求；多樣的標(biāo)注類型，點(diǎn)、線、面、體的交叉組合，使得標(biāo)注工作繁瑣耗時且錯誤頻出。除此之外，差異化的用戶需求，又對軟件功能的多樣性發(fā)出更高挑戰(zhàn)。
多數(shù)現(xiàn)有的標(biāo)注軟件支持的數(shù)據(jù)模態(tài)有限，且功能單一，缺乏靈活性，培訓(xùn)成本高。
面對現(xiàn)有標(biāo)注軟件固有的痛點(diǎn)，大多數(shù)人只能將就，通過切換多種軟件來適應(yīng)不同的需求。設(shè)想，當(dāng)我們有2D、3D和視頻數(shù)據(jù)并且要進(jìn)行不同類型的標(biāo)注時，從各個軟件的安裝配置，到學(xué)習(xí)操作流程，都會耗費(fèi)我們大量的時間和精力，而后續(xù)標(biāo)注信息的整合和處理，也令人疲于應(yīng)對。同時，漫長的標(biāo)注過程往往面臨如下問題：
若標(biāo)注所需的標(biāo)簽繁多，同時又欠缺層次化組織和管理，則標(biāo)注者容易發(fā)生誤操作；
不同醫(yī)生的標(biāo)注習(xí)慣可能存在差異，標(biāo)注流程和規(guī)范難以統(tǒng)一；
完全依賴手動標(biāo)注時，難以應(yīng)對大規(guī)模、復(fù)雜的標(biāo)注需求，既會造成醫(yī)生的負(fù)擔(dān)，也會嚴(yán)重制約研究項目的進(jìn)度。
那么是否有一款全家桶式的標(biāo)注軟件，來解決上述所有煩惱？
是的，Pair！作為一款一站式醫(yī)學(xué)圖像標(biāo)注軟件，Pair關(guān)注標(biāo)注過程本身，遵從以下設(shè)計理念：
操作邏輯簡單易上手，提升交互體驗，減輕標(biāo)注負(fù)擔(dān)。
功能豐富，覆蓋所有標(biāo)注任務(wù)。
可視化管理便捷，讀取保存一步到位。
自定義的工作流滿足個性化需求。
集成深度學(xué)習(xí)，半自動標(biāo)注，提升效率。
可加密的數(shù)據(jù)流通為項目安全提供保障。
我們的pair作為一款一站式醫(yī)學(xué)圖像標(biāo)注軟件，與其他標(biāo)注軟件相比，有以下八大亮點(diǎn)：
多項目通用。
兼容全部數(shù)據(jù)模態(tài)和格式。
支持多種標(biāo)注類型。
AI智能標(biāo)注。
支持大規(guī)模的標(biāo)注任務(wù)。
標(biāo)注流程規(guī)范化。
安全的數(shù)據(jù)流通。
完善的教程。
接下來，讓我們一起來深入了解Pair，感受Pair獨(dú)到之處。
你還在為2D圖像需要用LabelMe，3D圖像需要使用itk-SNAP、3D Slicer頻繁切換軟件而煩惱嗎？
你還在為nii文件只能被itk-SNAP、3D Slicer標(biāo)注，病理圖像svs只能被ImageScope等軟件標(biāo)注，而醫(yī)學(xué)視頻數(shù)據(jù)沒有專用軟件標(biāo)注而煩惱嗎？
這些煩惱，Pair通通幫您掃除！
Pair支持多種影像AI項目的標(biāo)注數(shù)據(jù)，支持2D、視頻和3D數(shù)據(jù)等格式，支持CT、X-Ray、MRI、PET、超聲、病理切片、掃描電鏡、血管造影等數(shù)據(jù)模態(tài)。用戶只需一款Pair，便可以加載并標(biāo)注各種醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)，擺脫負(fù)擔(dān)，加速前行。
（下表為Pair支持的數(shù)據(jù)格式和文件格式）
| 數(shù)據(jù)格式 | 文件格式 |
|---|---|
| 2D | bmp, png, jpg, tiff, svs… |
| 3D | nii, nii.gz, mrc, rec, mhd, mha, dcm, nrrd, hd… |
| 視頻 | mp4, avi, wmv, flv… |
Pair涵蓋了分割、分類、目標(biāo)檢測、關(guān)鍵點(diǎn)定位等常見任務(wù)的所有標(biāo)注類型，提供了橢圓、多邊形、矩形框、關(guān)鍵點(diǎn)、分類標(biāo)簽、測量項等通用標(biāo)注功能。同時，畫刷、魔術(shù)棒、曲線勾勒、輪廓實例管理和視頻跟蹤標(biāo)注等高級功能可有效提高標(biāo)注效率。此外，Pair支持多種標(biāo)注種類混合使用，使您不再受頻繁切換軟件的困擾。
在面臨大規(guī)模、復(fù)雜的標(biāo)注需求時，如視頻幀標(biāo)注或多任務(wù)密集標(biāo)注，若完全依賴手動標(biāo)注，既會給醫(yī)生帶來沉重的負(fù)擔(dān)，也會嚴(yán)重制約AI研究項目的進(jìn)度。Pair配備獨(dú)有的AI輔助標(biāo)注功能，旨在緩解醫(yī)生的標(biāo)注壓力，為影像的標(biāo)注提供加速度。
若使用該模塊，首先需要算法團(tuán)隊提供AI模型，根據(jù)軟件內(nèi)置的《AI模塊使用說明》，生成加密的aia格式文件，并將該文件提供給標(biāo)注者；標(biāo)注者只需載入aia文件，即可一鍵推理。Pair會自動生成初始標(biāo)注，只需微調(diào)標(biāo)注結(jié)果即可完成標(biāo)注工作，節(jié)省標(biāo)注時間，加快工作流程。
Pair的AI模塊支持豐富的任務(wù)和模型，多任務(wù)組合帶來更多靈活性。
| 支持的任務(wù) | 支持模型 |
|---|---|
| 分類 | AlexNet, VGG, DenseNet, Inception, GoogLeNet, ShuffleNet, Resnet, Wide Resnet, Resnext, Mobilnet, MNASNet … |
| 分割 | Fcn, U-net, Deeplab, ENet, ICNet, DFANet, Bisenet … |
| 點(diǎn)定位 | Faster Rcnn, Retinanet, Yolo v5 … |
| 目標(biāo)檢測 | Heatmap Based Unet, Fcn, Deeplab … |
| 多任務(wù) | 上述任務(wù)任意組合 |
Pair獨(dú)有AI一鍵推理功能，無論是分類、分割、點(diǎn)定位還是目標(biāo)檢測，標(biāo)注者只需要點(diǎn)擊AI按鈕，即可“一鍵”得到標(biāo)注結(jié)果，快捷方便。
Pair具備優(yōu)異的工作流，支持上千張圖像和視頻的同時導(dǎo)入。輕松處理超大視頻[>1.2G]、超大病理切片[>2.2G]，不卡頓，不閃退。優(yōu)化了對CPU、內(nèi)存的管理，使得軟件具有很強(qiáng)的兼容性，在無GPU獨(dú)顯，性能較差的電腦仍可流暢使用。
Pair提供了自定義配置文件功能，實現(xiàn)標(biāo)注流程規(guī)范化。用戶可高度自定義標(biāo)簽命名、標(biāo)注層級、標(biāo)注附屬功能（連接線、測量角等）、目標(biāo)屬性等，標(biāo)注者只需一鍵拖入配置文件，即可應(yīng)用到軟件，并遵從該規(guī)則進(jìn)行標(biāo)注。配置文件可以有效避免標(biāo)注人員因誤操作或個人習(xí)慣不同而引發(fā)的混亂，如不同醫(yī)生可能會對同一器官有不同的標(biāo)簽命名等。此外，同一項目統(tǒng)一配置文件，有利于科研人員對標(biāo)注信息的高效讀取。
Pair支持完全自定義的標(biāo)簽命名，并提供了父子兩級的標(biāo)簽層次管理，便于對標(biāo)注內(nèi)容的結(jié)構(gòu)化管理。例如：父級標(biāo)簽可用于定義標(biāo)注任務(wù)：“分割”、“目標(biāo)檢測”、“關(guān)鍵點(diǎn)”等；每個父級標(biāo)簽下的眾多子級標(biāo)簽，可以用于定義具體的標(biāo)注內(nèi)容，例如“關(guān)鍵點(diǎn)”下可以有“點(diǎn)1”、“點(diǎn)2”子標(biāo)簽。
用戶可通過配置文件將標(biāo)簽和標(biāo)注功能關(guān)聯(lián)綁定，例如：將“目標(biāo)檢測”與“Rectangle”功能綁定、將“分割”與“Polygon”綁定、將“關(guān)鍵點(diǎn)”與“Landmark”綁定，當(dāng)用鼠標(biāo)選中標(biāo)簽欄里的標(biāo)簽時，標(biāo)注功能會自動跳轉(zhuǎn)到對應(yīng)的功能項，有效提高混合標(biāo)注時的提高效率，減少誤操作。
配置文件還提供目標(biāo)屬性模塊，用戶可在該模塊自定義一個目標(biāo)屬性的模板，例如患者姓名、性別、年齡、診斷描述等內(nèi)容，在標(biāo)注時可使用該模板記錄標(biāo)注目標(biāo)對應(yīng)的文本信息。
Pair在標(biāo)注流程期間，為影像、標(biāo)注和AI模型提供加密功能，保證數(shù)據(jù)安全流通。加密過后的數(shù)據(jù)和標(biāo)注只能在Pair中打開，保障研究者的數(shù)據(jù)安全，防止數(shù)據(jù)外泄；AI模型轉(zhuǎn)換后的加密aia文件，只能用于Pair標(biāo)注輔助用途，保護(hù)模型擁有者的產(chǎn)權(quán)。
軟件內(nèi)置中英雙語使用教程，以各個標(biāo)注功能為主線展開介紹。另有AI模塊使用說明和Pair標(biāo)注結(jié)果讀取說明，方便開發(fā)者即查即用。B站上有持續(xù)更新的教程視頻介紹，以每個大模塊展開介紹，讓標(biāo)注者快速上手，降低培訓(xùn)成本和時間。
目前，Pair已具有較多的使用受眾，包括海內(nèi)外超過50所知名院校，也希望能得到大家更多的建議和指點(diǎn)。
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