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bookdown是著名R包作者謝益輝開發(fā)的，支持采用Rmarkdown (R代碼可以運行)或普通markdown編寫文檔，然后編譯成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。樣式清新，使用簡單，值得擁有。(點擊閱讀原文，跳轉(zhuǎn)博客，所有外鏈可點)

在Bookdown的官網(wǎng)，有很多免費的用bookdown寫的R書籍，如Hadley Wickham等撰寫的《R for Data Science》，Roger D. Peng撰寫的《R Programming for Data Science》, 陳總的《液體活檢口袋書》，益輝的《R語言忍者秘笈》，《單細胞數(shù)據(jù)整體分析流程》https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html (初學(xué)單細胞分析可以完全照著這個，在學(xué)習過程中改進，我們也做了部分翻譯Hemberg-lab單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（一）)。

還有很多基于Bookdown的教程，一時也想不起來，歡迎大家補充。我們前面轉(zhuǎn)錄組和R培訓(xùn)的教案也是用bookdown寫作的，后續(xù)再調(diào)整下格式，出一批電子書和紙質(zhì)書，有意向和需求的歡迎聯(lián)系。

下面分2步講述，自己如何構(gòu)建一個Bookdown書籍，第一部分是通過bookdown示例了解其基本功能和使用，第二部分是個人在使用過程中碰到的問題和解決方式。

基本使用

安裝必須軟件

Rstudio或Pandoc二選一, bookdown必須安裝。

Install Rstudio (version>1.0.0) (安裝和使用見Rstudio)
Install Pandoc (version>1.17.0.2)或者參照here。如果系統(tǒng)新，可以直接使用系統(tǒng)自帶的yum或apt-get；如果沒有權(quán)限或系統(tǒng)比較老，Pandoc的安裝可以使用conda，具體配置見Conda配置，配置好運行conda install -c conda-forge pandoc即可安裝。
In R install.packages("bookdown")

Demo示例

克隆或下載https://github.com/rstudio/bookdown-demo示例文件，編譯成功后，依葫蘆畫葫蘆修改.

編譯成書

運行下載的示例中的bash _build.sh，_book目錄下就是成書.

The content of _build.sh is:

#!/bin/sh
Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook')"
# 生成pdf需要安裝好latex，如果不需要可以注釋掉
Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::pdf_book')"

在前面的內(nèi)容運轉(zhuǎn)起來后，再看后面的內(nèi)容。

Customize our bookdown

準備`Rmd`文件

基本規(guī)則

一個典型的bookdown文檔包含多個章節(jié)，每個章節(jié)在一個R Markdown文件里面 (文件的語法可以是pandoc支持的markdown語法，但后綴必須為Rmd)。
每一個章節(jié)都必須以# Chapter title開頭。后面可以跟一段概括性語句，概述本章的內(nèi)容，方便理解，同時也防止二級標題出現(xiàn)在這一頁。默認系統(tǒng)會按照文件名的順序合并Rmd文件。
另外章節(jié)的順序也可在_bookdown.yml文件中通過rmd_files:["file1.Rmd", "file2.Rmd", ..]指定。
如果有index.Rmd，index.Rmd總是出現(xiàn)在第一個位置。通常index.Rmd里面也需要有一章節(jié)，如果不需要對這一章節(jié)編號的話，可以寫作# Preface {-}, 關(guān)鍵是{-}。

在第一個出現(xiàn)的Rmd文件中 (通常是index.Rmd)，可以定義Pandoc相關(guān)的YAML metadata, 比如標題、作者、日期等 (去掉#及其后的內(nèi)容)。

```
title: "My book"
author: #可以寫多行信息，都會被當做Author處理
- "CT"
- "CY"
- "[email protected]"
date: "`r Sys.Date()`"
documentclass: article #可以為book或article
# 如果需要引用參考文獻，則添加下面三行內(nèi)容
bibliography: [database.bib]  #指定存儲參考文獻的bib文件，endote或zotero都可以導(dǎo)出這種引文格式
biblio-style: apalike  #設(shè)定參考文獻顯示類型
link-citations: yes
```

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.align="center", out.width="95%", fig.pos='H')
knitr::opts_chunk$set(cache = FALSE, autodep=TRUE)
set.seed(0304)
```
~~~~~~

插入并引用圖片(外部圖片)

插入圖片最好使用knitr::include_graphics，可以同時適配HTML和PDF輸出。另外當目錄下同時存在name1.png和name1.pdf文件時，會自動選擇在HTML展示name1.png文件，在PDF輸出中引入name1.pdf格式的文件。

圖的標簽為fig-name(不能有下劃線)，在引用時需使用如下格式\@ref(fig:fig-name)，且fig.cap也要設(shè)置內(nèi)容。

多張圖可以同時展示，圖的名字以vector形式傳給include_graphics，需要設(shè)置out.width=1/number-pics 和 fig.show="hold"。

Insert a single pic and refer as Figure \@ref(fig:fig-name). `echo=FALSE` will hide the code block and display the output of `r` command only. These options can be set globally as indicated below.

```{r fig-name, fig.cap="Markdown supported string as caption", fig.align="center", echo=FALSE}
knitr::include_graphics("images/1.png")
```

Suppose we have 3 pictures in `images` folder with names as `Fig1_a`, `Fig1_b`,  `Fig1_c`,  we can refer to them using Figure \@ref(fig:fig1).

```{r fig1, fig.cap="3 sub-plots.", fig.align="center", out.width=33%, fig.show="hold"}
fig1 = list.files("images", pattern="Fig1_.*", full.names=T)
knitr::include_graphics(fig1)
```

Another way of including two pics.

```{r fig-name2,  out.width="49%", fig.show="hold", fig.cap="Markdown supported string as caption",  fig.align="center", echo=FALSE}
knitr::include_graphics(c("images/1.png", "images/2.png"))
```
~~~~~~~~~~~~~~~~

如果圖或表的標題中有Markdown語法，輸出為HTML時是可以正確解析的，但是輸出為PDF時卻不可以。這時可以使用Text Reference。當圖或表的標題太長時，也可以使用Text Reference引用一段話作為圖和表的標題。

Here is normal text.

(ref:pic-label) This line can be referred in **fig.cap** and markdown syntax is supported for both `HTML` and `PDF` output.

```{r pic-label, fig.cap="(ref:pic-label)"}
knitr::include_graphics("images/1.png")
```
~

輸出PDF時不支持使用在線圖片，可以加一個判斷。

```{r fig-name, fig.cap="Markdown supported string as caption", fig.align="center", echo=FALSE}
if (!file.exists(cover_file <- 'cover.jpg')){
  download.file(url,  cover_file,  mode = 'wb')
}
knitr::include_graphics(if (identical(knitr:::pandoc_to(),  'html')) url else cover_file)
```

插入并引用表格(外部表格)

外部表格的名字中必須包含tab:, 然后是表格的實際名字，格式為(\#tab:table-name); 引用時使用Table \@ref(tab:table-name)。表格名字中不能有下劃線。

Check Table \@ref(tab:seq-sum) for detail.

Table: (\#tab:seq-sum) Summary of sequencing reads 測序量總結(jié) (對于雙端測序,  *\_1* 表示左端reads, *\_2* 表示右端reads)

----------------------------------------------------------------------
Sample     Total reads     Total bases Sequence length (nt)     GC content (%) Encoding              
-------- ------------- --------------- ---------------------- ---------------- -----------------------
T8_1        37,106,941   5,566,036,721 138-150                              47 Sanger / Illumina 1.9  

T8_2        37,106,941   5,566,034,285 138-150                              47 Sanger / Illumina 1.9  
----------------------------------------------------------------------

插入并引用表格(內(nèi)部表格)

插入表格推薦使用knitr::kable，只要提供數(shù)據(jù)矩陣，用r讀取就可以了。

Check Table \@ref(tab:table-id) for detail.

```{r table-id, include=FALSE}
a <- as.data.frame(matrix(rnorm(20), nrow=4))
knitr::kable(a, caption="Test table",  booktabs=TRUE)
```
~

插入腳注

text^[footnote] is used to get the footnote.

where `type` may be `article`,  `book`,  `manual`,  and so on.^[The type name is case-insensitive,  so it does not matter if it is `manual`,  `Manual`,  or `MANUAL`.]

插入引文

假如我們的bib文件中內(nèi)容如下，如果我們要引用這個文章，只要寫 [@chen_m6a_2015]就可以了。

@article{chen_m6a_2015,
    title = {m6A {RNA} {Methylation} {Is} {Regulated} by {MicroRNAs} and {Promotes} {Reprogramming} to {Pluripotency}},
    volume = {16},
    issn = {1934-5909, 1875-9777},
    url = {http://www.cell.com/cell-stem-cell/abstract/S1934-5909(15)00017-X},
    doi = {10.1016/j.stem.2015.01.016},
    language = {English},
    number = {3},
    urldate = {2016-12-08},
    journal = {Cell Stem Cell},
    author = {Chen, Tong and Hao, Ya-Juan and Zhang, Ying and Li, Miao-Miao and Wang, Meng and Han, Weifang and Wu, Yongsheng and Lv, Ying and Hao, Jie and Wang, Libin and Li, Ang and Yang, Ying and Jin, Kang-Xuan and Zhao, Xu and Li, Yuhuan and Ping, Xiao-Li and Lai, Wei-Yi and Wu, Li-Gang and Jiang, Guibin and Wang, Hai-Lin and Sang, Lisi and Wang, Xiu-Jie and Yang, Yun-Gui and Zhou, Qi},
    month = mar,
    year = {2015},
    pmid = {25683224},
    pages = {289--301},
}

準備YML配置文件

_bookdown.yml

配置輸入和輸出文件參數(shù)。

book_filename: "輸出文件的名字"
output_dir: "輸出目錄的名字，默認_book"
language:
  ui:
      chapter_name: ""

_output.yml

配置產(chǎn)生輸出文件的命令行參數(shù)。

bookdown::pdf_book:
  template: ehbio.tex #使用自己定制的pandoc latex模板
  includes: # or only customize part latex module
    in_header: preamble.tex
    before_body: latex/before_body.tex
    after_body: latex/after_body.tex
  latex_engine: xelatex
  citation_package: natbib
  keep_tex: yes
  pandoc_args: --chapters
  toc_depth: 3
  toc_unnumbered: no
  toc_appendix: yes
  quote_footer: ["\\VA{", "}{}"]
bookdown::epub_book:
  stylesheet: css/style.css
bookdown::gitbook:
  css: style.css
  split_by: section
  config:
    toc:
      collapse: none
      before: | #設(shè)置toc開頭和結(jié)尾的鏈接
          

      after: |
          [email protected]

    download: [pdf, epub, mobi]
    edit: https://github.com/rstudio/bookdown/edit/master/inst/examples/%s
    sharing:
      twitter: no
      github: no
      facebook: no

其它定制

不同的文件分別用于html和pdf輸出

# in _bookdown.yml
rmd_files:
  html: ["index.Rmd", "file2.Rmd"]
  latex: ["index_pdf.Rmd", "file3.Rmd"]

# Different render way
#!/bin/sh
Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook')"
Rscript -e "bookdown::render_book('index_pdf.Rmd', 'bookdown::pdf_book')"

配置全局變量自適應(yīng)HTML和PDF輸出

```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
output <- opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to")
html = FALSE
latex = FALSE
opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.align="center", fig.show="hold")
if (output=="html") {
    html = TRUE
}
if (output=="latex") {
    opts_chunk$set(out.width="95%", out.height='0.7\\textheight', out.extra='keepaspectratio', fig.pos='H')
    latex = TRUE
}
#knitr::opts_chunk$set(cache = FALSE,  autodep=TRUE)
set.seed(0304)
```

Below text will only appear in HTML output.

```{asis, echo=html}

# EHBIO Gene Technology {-}

```

Below command will only be executed and displayed in HTML output.

```{r cover, eval=html, out.width="99%"}
knitr::include_graphics("ehbio/cover.png")
```
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

保留生成的markdown文件

# add below lines to last Rmd file
```{r, include=FALSE}
file.rename(from="bookdown_file_name.md",  to="bookdown_file_name.saved.md")
```
~~~~~~~~~~~

包含子文件 (subfile.txt)
```
```{r child="subfile.txt"}
```
~~~~~~
```

cahce external file ref

```{r mtime-func}
mtime <- function(files){
  lapply(Sys.glob(files), function(x) file.info(x)$mtime)
}
```

```{r mtime-usage, cache=T, cache.extra=mtime(c("file1", "file2", file3))}
file3 <- paste0(dir, '/', name)
data1 <- read.table("file1")
data2 <- read.table("file2")
```
~~~

預(yù)覽生成的WEB文件

如果沒有安裝Rstudio，可以在生成的book目錄(有index.html的目錄)下運行python -m SimpleHTTPServer 11521 (11521為端口號，一般選較大值避免沖突), 然后就可以在瀏覽器輸入網(wǎng)址http://server-ip:11521來訪問了。

References

https://bookdown.org/yihui/bookdown/get-started.html
https://github.com/rstudio/bookdown/tree/master/inst/examples
http://stackoverflow.com/questions/25236850/how-to-set-different-global-options-in-knitr-and-rstudio-for-word-and-html
Multiple output with different configs https://github.com/yihui/knitr/issues/1145
Multiple output with different configs https://github.com/yihui/knitr/issues/114://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/614
Citation style http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html
Save markdown http://stackoverflow.com/questions/19989325/knit-rmd-file-to-md-and-save-the-md-file-one-level-up-with-a-different-name
PDF online pic http://www.pzhao.org/zh/post/bookdown-tips/