Venn網(wǎng)絡(luò)展示富集分析結(jié)果

前面講述了富集分析泡泡圖的繪制，富集分析結(jié)果也可以用網(wǎng)絡(luò)形式同時(shí)展示富集的條目以及對應(yīng)的基因。

首先看下示例數(shù)據(jù)，列數(shù)可多可少，這里只用到Description列和geneID列。

ID    Description    GeneRatio    BgRatio    pvalue    p.adjust    qvalue    geneID    Count    Group
HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB    26/156    200/4386    4.45471795944512e-09    2.09371744093921e-07    1.82877895177221e-07    PER1/DUSP1/IRS2/KLF9/CEBPD/DNAJB4/CFLAR/GADD45B/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/KLF6/RHOB/MAFF/PTX3/NR4A3/MAP3K8/GCH1/NFIL3/CYR61/NR4A1/DUSP5/ATF3/GFPT2/RCAN1/PTPRE    26    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION    18/156    200/4386    0.000216131430625001    0.00507908861968753    0.0044363819970395    NNMT/FZD8/GADD45B/SAT1/COL7A1/LAMA2/THBS1/RHOB/PTX3/COL4A1/ANPEP/FSTL3/CYR61/COL11A1/LAMA3/ACTA2/TAGLN/FBN2    18    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_HYPOXIA    HALLMARK_HYPOXIA    17/156    200/4386    0.000638557923391064    0.0100040741331267    0.00873816105693035    DUSP1/MT2A/ERRFI1/IRS2/MT1E/FOXO3/SAP30/KLF6/GLRX/MAFF/UGP2/CITED2/NFIL3/CYR61/ATF3/STC1/GCNT2    17    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_P53_PATHWAY    HALLMARK_P53_PATHWAY    16/156    200/4386    0.00176676135024713    0.0207594458654038    0.0181325506999047    STOM/ZBTB16/ABAT/ALOX15B/DCXR/FOXO3/SAT1/TSC22D1/CCND3/INHBB/TM4SF1/ATF3/CD82/PDGFA/SLC19A2/PTPRE    16    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_UV_RESPONSE_DN    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN    12/156    144/4386    0.00478020785355157    0.0449339538233847    0.0392480223765287    DUSP1/APBB2/MT1E/ANXA4/TGFBR2/PDLIM5/AMPH/CITED2/CYR61/COL11A1/DDAH1/PPARG    12    trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE    9/156    101/4386    0.00920383270379172    0.0720966895130351    0.0629735921838381    FKBP5/ADAMTS1/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/CCND3/STEAP4/SLC38A2/PTK2B    9    trt._higherThan_.untrt

采用BIC的工具Explode matrix對矩陣進(jìn)行轉(zhuǎn)換，把geneID列的基因按行拆分開：

1. http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NDI%3D%27
   

2. 設(shè)置geneID列為Column for exploding

3. 設(shè)置/為Item separtor in exploding column

4. 設(shè)置只保留geneID和Description列，且geneID列在前 (Specify columns to be included in final matrix)

點(diǎn)擊提交，下載結(jié)果（如果結(jié)果直接在瀏覽器打開了，則右鍵另存為下載）

獲得轉(zhuǎn)換后的數(shù)據(jù)格式如下 (兩列文件，基因和其對應(yīng)的富集條目)：

geneID    Description
PER1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DUSP1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
IRS2    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
KLF9    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CEBPD    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DNAJB4    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CFLAR    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GADD45B    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PDLIM5    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
SAT1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
TSC22D1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
KLF6    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
RHOB    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
MAFF    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PTX3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NR4A3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
MAP3K8    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GCH1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NFIL3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CYR61    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NR4A1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DUSP5    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
ATF3    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GFPT2    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
RCAN1    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PTPRE    HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NNMT    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FZD8    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
GADD45B    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
SAT1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL7A1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
LAMA2    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
THBS1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
RHOB    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
PTX3    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL4A1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
ANPEP    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FSTL3    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
CYR61    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL11A1    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
LAMA3    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
ACTA2    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
TAGLN    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FBN2    HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
DUSP1    HALLMARK_HYPOXIA
MT2A    HALLMARK_HYPOXIA
ERRFI1    HALLMARK_HYPOXIA
IRS2    HALLMARK_HYPOXIA
MT1E    HALLMARK_HYPOXIA
FOXO3    HALLMARK_HYPOXIA
SAP30    HALLMARK_HYPOXIA
KLF6    HALLMARK_HYPOXIA
GLRX    HALLMARK_HYPOXIA
MAFF    HALLMARK_HYPOXIA
UGP2    HALLMARK_HYPOXIA
CITED2    HALLMARK_HYPOXIA
NFIL3    HALLMARK_HYPOXIA
CYR61    HALLMARK_HYPOXIA
ATF3    HALLMARK_HYPOXIA
STC1    HALLMARK_HYPOXIA
GCNT2    HALLMARK_HYPOXIA
STOM    HALLMARK_P53_PATHWAY
ZBTB16    HALLMARK_P53_PATHWAY
ABAT    HALLMARK_P53_PATHWAY
ALOX15B    HALLMARK_P53_PATHWAY
DCXR    HALLMARK_P53_PATHWAY
FOXO3    HALLMARK_P53_PATHWAY
SAT1    HALLMARK_P53_PATHWAY
TSC22D1    HALLMARK_P53_PATHWAY
CCND3    HALLMARK_P53_PATHWAY
INHBB    HALLMARK_P53_PATHWAY
TM4SF1    HALLMARK_P53_PATHWAY
ATF3    HALLMARK_P53_PATHWAY
CD82    HALLMARK_P53_PATHWAY
PDGFA    HALLMARK_P53_PATHWAY
SLC19A2    HALLMARK_P53_PATHWAY
PTPRE    HALLMARK_P53_PATHWAY
DUSP1    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
APBB2    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
MT1E    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
ANXA4    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
TGFBR2    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
PDLIM5    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
AMPH    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
CITED2    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
CYR61    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
COL11A1    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
DDAH1    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
PPARG    HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
FKBP5    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
ADAMTS1    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
PDLIM5    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
SAT1    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
TSC22D1    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
CCND3    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
STEAP4    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
SLC38A2    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
PTK2B    HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE

把這個(gè)文件粘貼到最全Venn圖繪制工具Evenn (http://www.ehbio.com/test/venn/#/，更多功能見這個(gè)Venn 網(wǎng)絡(luò)很漂亮！3分鐘帶你繪制！)的Venn network處，直接點(diǎn)擊submit。

點(diǎn)擊提交后，直接出來一張網(wǎng)絡(luò)圖

點(diǎn)擊Preferred layout按鈕，看動畫，調(diào)布局 (具體操作可查看EVenn的Help幫助文檔和對應(yīng)的視頻)。

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