地質(zhì)學(xué)家認(rèn)為，飛來石這一奇觀是地質(zhì)變化過程中形成的。它與下部的基座平臺原系一體，都是由黃山巖體補(bǔ)充期侵入的中細(xì)粒斑狀花崗巖所構(gòu)成；花崗巖構(gòu)造節(jié)理發(fā)育，由于北東和北西向的2組近直立節(jié)理和北西走向的近水平節(jié)理切割裂解，形成了長方柱的“飛來石”雛形，但此時期四周仍被巖石塊包圍著，上下仍為一體。后來在上體的不斷抬升中，由于風(fēng)化剝蝕，冰川流水和重力崩塌作用，最終形成了兀立于平臺之上的飛來石奇觀。