給定一個基因表達矩陣和樣本分組信息，如何繪制樣品整體表達箱線圖、單個或多個基因表達箱線圖。

獲取示例數據

我們從中截取前面4行作為演示例子。

利用工具Wide to Long把表達矩陣轉換為長表格

把數據表粘貼到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27OA%3D%3D%27的文本輸入處，點擊Check data，確認數據無誤，點擊Submit獲得結果，下載下來，為文件bd3ebbe9-935d-4629-82bd-6d134c2aa386.WideToLong.txt。

文件內容如下：

利用工具Merge Matrixes合并表達信息和樣本表

把上一步獲得的長矩陣和最開始的sampleFile粘貼到http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NQ%3D%3D%27的2個文本域（順序沒有關系），點擊Check data，確認數據無誤；

選擇共有的列用于合并，如矩陣1的variable列（這個名字是上一步默認生成的，可以修改）和矩陣2的Samp列。圖中標黃的為我們修改過的參數。

獲得文件 40e4af19-206e-4f64-b21b-d0e78936fee1.matrix_combined.txt，文件內容如下：

繪制樣本整體表達箱線圖

把上一步獲得的文件粘貼到箱線圖繪制工具http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27MQ%3D%3D%27，點擊Check data，確認數據無誤；

1. 選擇variable列，也就是樣本名字列，作為X-axis variable；

2. 選擇value列, 也就是表達數據列，作為Y-axis variable；

3. 選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

點擊Submit，就可以獲得繪制的圖（png，pdf）格式和對應的代碼。

除了看整體，連上單個基因查看下，增加一個參數Group variable for lining points，設置為id列，也就是基因名字列。

繪制單個/多個基因表達小提琴圖

數據無需變動

1. 選擇id列，也就是基因名字列，作為X-axis variable；

2. 選擇value列, 也就是表達數據列，作為Y-axis variable；

3. 選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

在Layout and colors面板下，設置:

1. 設置Plot type為Violin plot;

繪制單個基因表達小提琴圖

數據無需變動

1. 選擇id列，也就是基因名字列，作為X-axis variable；

2. 選擇value列, 也就是表達數據列，作為Y-axis variable；

3. 選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

設置variable order

1. X-axis variable order為ENSG00000109906，默認帶篩選功能，只選擇這一個基因繪制；

2. 設置Legend variable order為untrt,trt，對照在前，處理在后。

增加統(tǒng)計標記

通過預設的顏色集修改顏色

直接選擇多個顏色進行上色

這兩種修改顏色的方法是互斥的，一次只能用一種，一次也只能用一種。

繪制單個/多個基因表達小提琴圖(分面)

數據無需變動

1. 選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為X-axis variable；

2. 選擇value列, 也就是表達數據列，作為Y-axis variable；

3. 選擇conditions列，也就是樣本分組信息列，作為Legend variable，默認通過這一列上色作為圖例。

在Layout and colors面板下，設置

1. 設置Plot type為Violin plot;

2. 設置Facet variable為id列，也就是基因名字列，按基因名分面顯示。

測試數據獲?。篽ttps://gitee.com/ct5869/bic

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